Existen muchas versiones sobre el origen etimológico del nombre: Chiclayo.

Hay quienes lo atribuyen a un indio aborigen llamado chiclayoc o chiclayep que hacía acarreo de yeso entre las primigenias ciudades de Zaña, Lambayeque y Morrope.

Otra versión sostiene que por aquellas épocas, cuando la ciudad se encontraba en plena formación, se daba en abundancia un fruto de color verde llamado chiclayep o chiclayop, que en lengua mochica significa “verde que cuelga”.

En la actualidad en los pueblos de la sierra cajamarquina a la calabaza se le conoce con el nombre de chiclayo; pues entonces se cree de ese fruto es que la ciudad toma nombre.

Otra denominación indica que es la palabra traducida del Muchik y deriva de "Cheqta" que significa "La Mitad" y "Yoc" que significa "Propiedad de" o "Terreno del medio de Propiedad Común".

Otros indican, que en lengua mochica, son las palabras semejantes a Chiclayo, por ejemplo: Chiclayap o Chekliayk, que quiere decir “lugar donde hay ramas verdes”.